Analisi di metilazione del DNA - conversione con bisolfito
La metilazione del DNA svolge un ruolo cruciale nella regolazione genica e nello sviluppo delle malattie. L’analisi della metilazione del DNA utilizzando Illumina MethylationEPIC consente di studiare oltre 930.000 siti genomici, inclusi isole CpG, enhancers, promotori e siti aperti della cromatina.
Il protocollo di conversione con bisolfito permette di identificare con precisione queste modificazioni epigenetiche.
Il beadchip Illumina MethylationEPIC rappresenta l’approccio di elezione per la ricerca e applicazione dei biomarcatori basati sulla metilazione nei campi della ricerca sul cancro, patologie genetiche, invecchiamento ed epidemiologia molecolare.
Servizi offerti
MethylationEPIC v2.0 (min. 8 campioni)
Analisi di metilazione
Questo passaggio è fondamentale per assicurarti una base dati robusta, pronta per le successive fasi di analisi. Eseguiamo un rigoroso processo di controllo qualità (QC), che include l’identificazione e la rimozione di campioni e sonde con bassa qualità, nonché l’imputazione di valori mancanti per ottimizzare il dataset.
Al termine dell’analisi riceverai i seguenti file:
- IDAT originali ottenuti dallo strumento Illumina iScan;
- Matrice di beta metilazione pre-filtraggio;
- Matrice di beta metilazione finale, pulita e filtrata;
Questo pacchetto è progettato per eliminare la variabilità tecnica e garantire la massima robustezza statistica dei tuoi dati. Attraverso un’analisi esplorativa approfondita, identifichiamo la presenza di eventuali batch effects (es. data di analisi, piastra). Procediamo poi con la correzione della matrice di metilazione e la normalizzazione scegliendo la tecnica più adatta al tuo disegno sperimentale.
Al termine dell’analisi riceverai i seguenti file:
- Matrice di beta metilazione normalizzata;
- Grafici che attestano i batch effects iniziali;
- Grafici post-correzione che dimostrano l’efficacia dell’intervento;
Il nostro pacchetto di Livello 3 è la soluzione ideale per identificare DMPs (sonde differenzialmente metilate) e DMRs (regioni differenzialmente metilate) con un forte significato biologico. Il nostro flusso di lavoro statistico è ottimizzato per gestire disegni sperimentali complessi, supportando fenotipi binari (es. sano/malato), quantitativi (continui) e con categorie multiple (es. stadi di malattia). L’analisi include la stima dell’età biologica e delle componenti cellulari del tessuto, i cui risultati vengono inseriti come covariate del modello di regressione per l’identificazione di DMPs e DMRs. Al termine dell’analisi, effettuiamo una valutazione della potenza e un filtraggio mirato di DMPs e DMRs, assicurandoti risultati non solo significativi ma anche biologicamente rilevanti.
Al termine dell’analisi riceverai i seguenti file:
- Tabella delle associazioni grezze;
- Tabella delle associazioni filtrate;
- Grafico di potenza dello studio;
- Grafici per la visualizzazione delle DMPs/DMRs più rilevanti;
