Primer NGS

Abbiamo a disposizione diverse coppie di primer con code Illumina per amplificare il DNA per analisi di metabarcoding. Di seguito sono riportate solo le porzioni locus-specifiche.

Primer per Batteri/Archeobatteri

V3-V4 (per batteri e Archea – Takahashi et al. 2014) – DEFAULT PRIMER
Pro341F: 5′-CCTACGGGNBGCASCAG -3′
Pro805R: Rev 5′-GACTACNVGGGTATCTAATCC -3′

V3-V4 (per batteri – Nadkarni et al.,2002)
16S_univFor: 5′-CCTACGGGAGGCAGCAGT-3′
16S_univRev: 5′-GACTACCAGGGTATCTAATCCTGTT -3′

V1-V3 (per batteri – McMurtry et al.,2015)
27 F: 5′-GAGTTTGATCNTGGCTCAG -3′
519R: 5′-GWNTTACNGCGGCKGCTG -3′

V4 (per Batteri ed Archaea – Parada/Aprill)
515F: 5′-GTGYCAGCMGCCGCGGTAA-3′
806R: 5′-GGACTACNVGGGTWTCTAAT-3′

Primer per Lieviti, Funghi e Piante

ITS2 new – DEFAULT PRIMER
ITS3_KYO2: 5′ – GATGAAGAACGYAGYRAA -3′ (Toju et al 2012)
ITS4r. 5′ – TCCTCCGCTTATTGATATGC -3′ (White et al 1990)

ITS2 (White et al., 1990)
ITS3f: 5′- GCATCGATGAAGAACGCAGC -3′
ITS4r: 5′- TCCTCCGCTTATTGATATGC -3′

ITS1 (White et al., 1990)
ITS1f: 5’– TCCGTAGGTGAACCTGCGG – 3′
ITS2r: 5′- GCTGCGTTCTTCATCGATGC -3′

Primer per altri Eucarioti

18S regione V4 (Bass et al., 2016/Stoeck et al., 2010) – DEFAULT PRIMER
V4_1f: 5′- CCAGCASCYGCGGTAATWCC -3′
TAReukREV3: 5′- ACTTTCGTTCTTGATYRA -3′

18S regione V4 (Lambert et al., 2019)
515FY_ngs: 5′- GTGYCAGCMGCCGCGGTA -3′
NSR951_ngs: 5′-TTGGYRAATGCTTTCGC -3′

18S regione V4 (Enberg et al., 2018)
E572f_ngs: 5′- CYGCGGTAATTCCAGCTC -3′
897r_ngs: 5′- TCYDAGAATTYCACCTCT -3′

COI (Leray et al., 2013)
mlCOIintF_F_NGS: 5′- GGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC -3′
jgHCO2198_R_NGS: 5′- TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA -3′

In caso sia necessario utilizzare una coppia diversa da quella di default vi preghiamo di comunicarcelo per iscritto sulla prenotazione.
In caso non sia disponibile la coppia di primer desiderata contattaci.