A partire dalla fine di aprile 2025, il nostro laboratorio aggiornerà la tecnologia di sequenziamento con un sistema di ultima generazione, che migliorerà sensibilmente l’accuratezza e la risoluzione dei dati.
Di seguito maggiori dettagli sulle caratteristiche del nuovo servizio che sostituirà il precedente.
Incremento della qualità di sequenziamento
L’utilizzo di nuovi reagenti e l’aumento della velocità di sequenziamento ha portato a incrementare esponenzialmente la qualità della read. Questo si nota in particolare dopo la metà della read 2 (R2) di una strategia a 600 cicli, in cui era comune rilevare un Q30 molto scarso.
Noterete che non sarà più necessario trimmare la porzione terminale delle reads e che incrementerà la percentuale delle reads che effettueranno un merge R1-R2 efficace. I vostri bioinformatici vi ringrazieranno!
Vantaggi della chimica XLEAP-SBS
La nuova chimica Miseq i100 permette di ottenere reads con un errore medio più basso rispetto al precedente sequenziatore, rendendo il sequenziamento più preciso. La maggiore qualità del dato impatterà positivamente sui workflow bioinformatici a valle del sequenziamento.
Nondimeno l’utilizzo degli Illumina Unique Dual Indexes (UDI) al posto dei Nextera XT riduce la probabilità di index-hopping, migliora l’efficienza di sequenziamento e di assegnazione della read al campione.
Cosa cambia per gli utenti?
Per gli utenti che inviano ampliconi, i primer che richiediamo sono gli stessi, poichè la coda universale Illumina rimane la medesima.
L’unico cambiamento considerevole risiede nel servizio solo corsa in quanto sarà necessario costruire le librerie con gli UDI per poter accedere al sequenziamento.
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Sappiamo che per progetti di sequenziamento continuativi il cambio di tecnologia può essere impattante ma siamo convinti che l’aggiornamento porterà solo a miglioramenti.
- Aumenterà il numero di reads residue a seguito dei filtri bioinformatici.
- Aumenterà la precisione dell’analisi bioinformatica.
- Diminuirà il rischio di assegnazioni scorrette di reads tra campioni diversi.
Non esitare a contattarci per ulteriori chiarimenti!
