SEQUENZIAMENTO NGS
IDENTIFICAZIONE DI COMUNITÀ BATTERICHE (16S rRNA) - Nuovo protocollo

• in caso di prelievo di campioni fecali, possiamo fornire tubini sterili con buffer di trasporto, swab (3 euro/campione + spese di spedizione)
• in altri casi possiamo fornire tubini sterili singoli oppure piastre di tubini sterili (contattare nextgen@bmr-genomics.it)

• FECI: 50 – 100 mg in tubi da 2 ml (Tappo a vite femmina diametro max 1 cm)
• SUOLO: 50 – 200 mg in tubi da 2 ml (Tappo a vite femmina diametro max 1 cm);
• SIERO DI LATTE, LATTE E ALTRE BEVANDE: 2 ml in tubi da 2 ml (Tappo a vite femmina diametro max 1 cm);
• PRODOTTI CASEARI FRESCHI: 250 – 500 mg in tubi da 2 ml (Tappo a vite femmina diametro max 1 cm);

Se la tua matrice non è presente nella lista, è necessario che testiamo il protocollo di estrazione su uno o due campioni rappresentativi del tuo batch ed effettuiamo il test di amplificazione su diverse diluizioni dell’estratto, al prezzo fisso di 250 euro.

SPEDIZIONE: deve avvenire a temperatura compresa tra -20° e -80°C.

• CAMPIONI: il materiale in ingresso è rappresentato da DNA in strip da 0,2 ml possibilmente con tappini in strip.
• QUANTITÀ e QUALITÀ’: inviare la concentrazione di genomico che ha dato il miglior esito di amplificazione secondo il protocollo di Verifica del DNA genomico. Il volume dev’essere compreso tra 30 e 100 ul.
• SPEDIZIONE: il materiale  va inviato a seconda del metodo di conservazione, refrigerato a 4°C con siberini o a -80° con ghiaccio secco.
  Nota: in caso di amplificazione subottimale del genomico è possibile fermarsi pagando solo il lavoro svolto (10 euro/campione).

• CAMPIONI: il materiale in ingresso è rappresentato da ampliconi NON purificati in strip di tubini da 0,2 ml.
• IDENTIFICAZIONE: tutti i contenitori devono essere identificati con il codice assegnato da BMR in fase di prenotazione.
• CONSERVAZIONE: i campioni vanno tenuti tra +4°C e -80°C (ghiaccio secco), mantenere la catena del freddo ed evitare cicli di congelamento-scongelamento.
• QUANTITÀ e QUALITÀ’: ogni amplicone fornito deve avere una concentrazione compresa tra 5 ng/ul e 20 ng/ul ed un volume minimo di 25ul.
• SPEDIZIONE: il materiale va inviato a seconda del metodo di conservazione, refrigerato a 4°C con siberini RIGIDI o a -80° con ghiaccio secco.    

Nota I: è responsabilità dell’utente verificare che il campione contenga solo il DNA di interesse.
Nota II: gli ampliconi inviati devono essere muniti di idonee code per l’attacco degli adattatori Nextera XT Index kit – Illumina.
Nota III: gli ampliconi in ingresso non saranno verificati ma saranno avviati direttamente al sequenziamento e non è previsto il servizio di ricaricamento in caso di ottenimento di un numero inferiore di 50000 reads (+/- 20%) se i nostri controlli di processo hanno dato esito atteso.