Corso di bioinformatica Variant Calling
20-23 settembre 2021
La bioinformatica è sempre più necessaria in ambito biologico per poter analizzare in modo efficace e veloce le crescenti quantità di dati disponibili o prodotti in ambito di ricerca.
In particolare, l’analisi di variant calling prevede l’utilizzo di approcci bioinformatici applicati al dato di sequenziamento NGS, allo scopo di fornire un’interpretazione biologica delle varianti identificate.
Il corso è indirizzato a tutti coloro che nell’ambito dei propri progetti di ricerca devono affrontare analisi di variant discovery.
Contenuti principali del corso:
- Introduzione al variant discovery
- Allineamento e variant calling
- Annotazione delle varianti
- Interpretazione dei risultati
Scarica il programma completo
- Capacità di consultazione di database biologici.
- Conoscenza di base delle principali estensioni utilizzate nei dati biologici: formato fastq, fasta, ecc.
- Comandi base per muoversi all’interno di un ambiente Linux.
- Conoscenza di base delle tecnologie NGS.
La durata del corso è stata progettata per andare in contro alle esigenze degli utenti. Pertanto, non sarà occupata l’intera giornata lavorativa e le lezioni si svolgeranno in 4h suddivise in 4 giorni, per un totale di 16h. Da Lunedì 20 a Giovedì 23 Settembre 2021, dalle 9.00 alle 13.00.
Al termine del corso, agli utenti sarà rilasciato un attestato di partecipazione ufficiale.
Per partecipare al corso è indispensabile un computer dotato di connessione di rete, con almeno 6/8 Gb di RAM, un client SSH (es. PuTTY per i pc Windows, per Linux e MacOS non è richiesto alcun client) ed RStudio. Le lezioni si svolgeranno su piattaforma online Google Scholar. Modalità e credenziali di accesso saranno comunicati prima dell’inizio del corso.
L’attivazione del corso è vincolata al numero di adesioni.
Dr. Loris Bertoldi ha conseguito il dottorato in bioinformatica presso l’Università di Padova. Attualmente è responsabile del servizio bioinformatico di BMR Genomics, con particolare attenzione allo sviluppo di nuove pipeline e alle analisi sul microbioma, ricoprendo un ruolo rilevante nel progetto Microbioma Italiano.
Dr. Giuseppe Benvenuto, PhD in Bioscienze – curriculum Genetica e bioinformatica presso l’Università di Padova, su progetto AIRC. In BMR Genomics si occupa principalmente dei progetti di trascrittomica ed analisi statistiche nella fase di interpretazione del dato biologico.
Le modalità di pagamento prevedono due possibilità: buono d’ordine o il bonifico bancario anticipati.
Il costo del corso sarà di 599€ a persona con termine ultimo d’iscrizione il 15/09/2021.
L’iscrizione sarà considerata valida dopo aver effettuato il pagamento e aver compilato il seguente form.
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