Corso di bioinformatica 16S - NGS edizione 2023
05-08 Giugno 2023
BMR Genomics - Padova
La bioinformatica è sempre più necessaria in ambito biologico per poter analizzare in modo efficace e veloce le crescenti quantità di dati disponibili o prodotti in ambito di ricerca.
Questa necessità è direttamente legata all’evoluzione tecnologica in ambito NGS, dove la riduzione dei costi ha permesso una larga diffusione di questi approcci anche in ambito microbiologico. Infatti, i campi di applicazione delle analisi 16S-NGS sono innumerevoli, spaziando dall’agroalimentare alla ricerca di base. Pertanto, l’apprendimento di metodi bioinformatici ad hoc può facilitare non solo l’interpretazione di report d’analisi ma anche lo sviluppo di progetti di ricerca completi.
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Esegui ora il test per valutare le competenze su sistema Linux richieste per il corso.
Qualora si sia ottenuto un punteggio minore di 8/12 si consiglia di consultare il materiale informativo disponibile al seguente link.
Informazioni utili
Il corso è indirizzato a tutti coloro che, nell’ambito dei propri progetti di ricerca, devono affrontare problematiche relative alla caratterizzazione dei microrganismi presenti in matrici biologiche complesse, partendo da dati di meta-barcoding.
Contenuti principali del corso:
- Introduzione alla metodica del metabarcoding
- Analisi dati 16S – NGS con Qiime2
- Implementazione database primer specifico
- Analisi differenziale delle abbondanze
Scarica il programma completo
- Capacità di consultazione di database biologici.
- Conoscenza di base delle principali estensioni utilizzate nei dati biologici: formato fastq, fasta, ecc.
- Comandi base per muoversi all’interno di un ambiente Linux.
- Conoscenza di base delle tecnologie NGS.
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Qualora si sia ottenuto un punteggio minore di 8/12 si consiglia di consultare il materiale informativo disponibile al seguente link.
Le lezioni si svolgeranno in 4 giorni da 6h ciascuno, per un totale di 24h. Da Lunedì 05 a Giovedì 08 Giugno 2023, dalle 9.30 alle 12.30 e dalle 13.30 alle 16.30.
Al termine del corso, agli utenti sarà rilasciato un attestato di partecipazione ufficiale.
Per partecipare al corso è indispensabile un computer dotato di connessione di rete, con almeno 6/8 Gb di RAM e un client SSH (es. PuTTY per i pc Windows, per Linux e MacOS non è richiesto alcun client). Le lezioni si svolgeranno in presenza presso la nostra sede aziendale.
L’attivazione del corso è vincolata al numero di adesioni.
Dr. Loris Bertoldi, PhD, ha conseguito il dottorato in bioinformatica presso l’Università di Padova. Attualmente è responsabile del servizio bioinformatico di BMR Genomics, con particolare attenzione allo sviluppo di nuove pipeline e alle analisi sul microbioma, ricoprendo un ruolo rilevante nel progetto Microbioma Italiano.
Dr. ssa Eleonora Sattin, PhD, ha conseguito il dottorato in biotecnologie presso l’Università di Padova. Attualmente è responsabile dei servizi di 16S-NGS, Metagenomica di BMR Genomics e del Servizio Microbioma Italiano, che propone la partecipazione dei cittadini al progetto di ricerca finalizzato alla raccolta di dati per la caratterizzazione della popolazione italiana.
L’iscrizione sarà considerata valida solo dopo aver compilato il seguente form con le istruzioni riportate nello stesso.
Il costo del corso sarà di 599€ a persona. Nella quota di iscrizione sono comprese le pause caffè ed il pranzo, oltre al materiale per lo svolgimento del corso.
Le modalità di pagamento prevedono due possibilità: buono d’ordine o il bonifico bancario anticipati.
NOTA BENE: In caso di richiesta di recesso pervenuta prima del 21/05/2023, BMR Genomics restituirà l’intero importo versato; trascorsa la data indicata, BMR Genomics restituirà il 50 % dell’importo versato. Ad ogni modo, qualora la persona iscritta volesse inviare un sostituto al proprio posto, BMR Genomics non richiederà alcuna penale o quota aggiuntiva d’iscrizione.
Numero max di iscritti: 15
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